Puente Genil, por su situación geográfica, cuenta con una diversificada oferta de espacios naturales, entre las que destacan la Laguna de Tíscar perteneciente a la Reserva Natural de las Zonas Húmedas del Sur de Córdoba, el entorno del Pantano de Cordobilla, declarado Paraje Natural y la Laguna Seca en la aldea de Los Arenales.
La laguna de Tíscar fue declarada de manera independiente como Reserva Natural por sus especiales valores como lugar de invernada y nidificación para aves migratorias. Es una laguna estacional, de origen y morfología estepario y endorreico, su valor faunístico está determinado por la comunidad de aves acuáticas y especialmente por la Malvasía, que tuvo en estas lagunas durante unos años el último reducto de su población europea. Además su valor paisajístico destaca por el contraste que supone con el entorno intensamente transformado por la agricultura.Entre las especies animales destacar entre otras la Malvasía cabeciblanca, el Porrón pardo, la garcilla cangrejera, el aguilucho lagunero, rata de agua, meloncillo, galápago leproso, culebra viperina y lagarto ocelado. Existe una Ruta señalizada promovida por el Ayuntamiento de Puente Genil, así como un observatorio.
El pantano de Cordobilla es una zona húmeda artificial, muy naturalizada y de excelentes cualidades paisajísticas. La gran diversidad de hábitats existentes en el Paraje Natural de Cordobilla ofrecen grandes oportunidades para que estás áreas sean ocupadas por multitud de especies, muchas de ellas protegidas. La no oscilación de los niveles de agua hace que la vegetación de sus riberas sea muy densa, compuesta fundamentalmente por eneas, cañas y carrizos, y destacando los tarajes, mimbres, chopos y olmos en menor medida.
En cuanto a la fauna se ha destacado la presencia de barbos, bogas y carpas reales, así como black-bass. Las aves más representativas son el calamón, la focha, la polla de agua, el somormujo, el zampullín, ánade real, martín pescador, ... Desde su declaración como paraje natural y la aplicación de la normativa correspondiente cada vez son más abundantes en la zona diversas especies protegidas como el águila real, el águila perdicera, ratonero común, aguilucho cenizo, gavilán, halcón peregrino, etc.
Los parajes de Puente Genil son ideales para la práctica de la ornitología y el ejercicio del senderismo y el cicloturismo por las Rutas del Genil Natura.
